现内设办公室、人事科、贷款管理科、归集科、资金核算科、财务科、内审稽核科、科技信息科、行政保卫科、会计核算科、远程服务科等11个科室，设有机关党委、机关纪委、工会、妇委会、共青团委等机构。中心下辖邵东、新邵、隆回、洞口、绥宁、城步、武冈、新宁、邵阳县、城区、双清、北塔和经开区13个县市区管理部，市、县两级实行统一人、财、物管理，统一资金运作，统一内部管理制度。